Проводимые нововведения вызывали критику крупных землевладельцев. На одном из заседаний князь Святополк-Четвертинский заявил, что «нам нужна рабочая сила человека, нужен физический труд и способность к нему, а не образование. Образование должно быть доступно обеспеченным классам, но не массе…»
Столыпин дал резкую отповедь:
«Бояться грамоты и просвещения, бояться света нельзя. Образование народа, правильно и разумно поставленное, никогда не приведёт к анархии…»
Вскоре министр внутренних дел Плеве вновь сделал предложение Столыпину занять должность губернатора …Саратовской губернии. Столыпин не хотел переезжать в Саратов.
Плеве заявил: «Меня Ваши личные и семейные обстоятельства не интересуют, и они не могут быть приняты во внимание. Я считаю Вас подходящим для такой трудной губернии и ожидаю от Вас каких-либо деловых соображений, но не взвешивания семейных интересов».
Саратовщина была знакома: в губернии находились родовые земли Столыпиных. Двоюродный дед Петра Аркадьевича, Афанасий Столыпин, был саратовским предводителем дворянства, а его дочь Марья была замужем за князем В.А. Щербатовым, саратовским губернатором в 1860-х годах. На реке Алае находится село Столыпино, при котором – «опытный хутор» с развитым культурным хозяйством европейского образца.
Начало Русско-японской войны Столыпин воспринял критично: «Как может мужик идти радостно в бой, защищая какую-то арендованную землю в неведомых ему краях? Грустна и тя-жела война, не скрашенная жертвенным порывом!»
После поражения в войне с Японией Российскую империю захлестнули революционные события. При наведении порядка Столыпин проявлял редкое мужество и бесстрашие. Он безоружным и без какой-либо охраны входил в центр бушевавших толп. Спокойный и строгий вид губернатора так дейст-вовал на народ, что страсти сами собой утихали.
Современник Столыпина В.Б. Лопухин так описывает один из эпизодов революционных событий того времени:
«Достаточно известен эпизод, когда Столыпин в относительно скромной роли Саратовского губернатора в ту пору, когда губернаторов расстреливали, как куропаток, врезывается в бунтующую толпу. На него наступает человек с явно агрессивными намерениями, с убийством во взгляде.
Столыпин бросает ему на руки снятое с плеч форменное пальто с приказанием, отданном так, как умеет повелевать одно только уверенное в себе бесстрашие: «Держи!».
Ошеломлённый презумптивный «убийца» машинально подхватывает губернаторское пальто. Его руки заняты. Он парализован. И уже мыслью далёк от кровавой расправы. Столыпин спокойно держит речь загипнотизированной его мужеством толпе. И он, и она мирно расходятся».
Действия молодого губернатора были замечены Николаем II, который дважды выразил ему личную благодарность за проявленное усердие. Во второй половине апреля 1906г Столыпина вызвали в Царское Село телеграммой за подписью императора. Встретив его, Николай II сказал, что пристально следил за действиями в Саратове и, считая их исключительно выдающимися, назначает его министром внутренних дел.
Переживший революцию и четыре покушения Столыпин пытался отказаться от должности.
Двое из его предшественников на этом посту – Сипягин и Плеве – были убиты революционерами...
После занятия поста премьер-министра Столыпин совмещал оба поста, оставаясь министром внутренних дел до конца своей жизни. 8 (21) июля 1906 года Первая Государственная дума была распущена императором. Отношения Столыпина со II Государственной думой были также весьма напряжёнными.
Многие депутаты напрямую выступали за свержение существовавшего строя. Польские депутаты выступали за выделение Польши из Российской империи в отдельное государство. Две самые многочисленные фракции кадетов и трудовиков ратовали за принудительное отчуждение земель у помещиков с последующей передачей крестьянам.
7 мая 1907г Столыпин обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против него самого.
Царь 3 июня распустил Думу. Акт 3 июня формально нарушал «Манифест 17 октября» и Основные законы 1906г, в связи с чем противниками правительства был назван «Третьеиюньским переворотом».