Новая избирательная система, которая использовалась при выборах в Государственные думы III и IV созывов, увеличила представительство в Думе землевладельцев и состоятельных горожан, а также русского населения по отношению к национальным меньшинствам, что привело к формированию в III и IV Думах проправительственного большинства. По свидетельству современника, III Дума явилась «созданием Столыпина».
Закон о военно-полевых судах был издан в условиях революционного террора в Российской империи. В течение 1901-1907 годов были осуществлены десятки тысяч террористических актов, в результате которых погибло более 9 тысяч человек. Среди них были как высшие должностные лица государства, так и простые городовые. Часто жертвами становились случайные люди.
Во время революционных событий 1905-1907 годов Столыпин лично столкнулся с актами революционного террора. В него стреляли, бросали бомбу, направляли в грудь револьвер. Революционеры приговорили к смерти путём отравления сына Столыпина, которому было всего 2 года.
Среди погибших от революционного террора были друзья и ближайшие знакомые Столыпина (к последним следует отнести, в первую очередь, В.Плеве и В.Сахарова). И в том, и другом случае убийцам удалось избежать наказания вследствие судебных проволочек, адвокатских уловок и гуманности общества.
Взрыв на Аптекарском острове 12 августа 1906 года унёс жизни нескольких десятков людей, которые случайно оказались в особняке Столыпина. Пострадали и двое детей Столыпина — Наталья и Аркадий. В момент взрыва они вместе с няней находились на балконе и были выброшены взрывной волной на мостовую. У Натальи были раздроблены кости ног и несколько лет она не могла ходить, ранения Аркадия оказались нетяжёлыми, няня детей погибла.
19 августа 1906 года в качестве «меры исключительной охраны государственного порядка» был принят «Закон о военно-полевых судах», который в губерниях, переведённых на военное положение или положение чрезвычайной охраны, временно вводил особые суды из офицеров, ведавших только делами, где преступление было очевидным (убийство, разбой, грабёж, нападения на военных, полицейских и должностных лиц).
Предание суду происходило в течение суток после совершения преступления. Разбор дела мог длиться не более двух суток, приговор приводился в исполнение в 24 часа. В то время как в военных судах дела рассматривались при обвиняемых, которые могли пользоваться услугами защитников и представлять своих свидетелей, в военно-полевых судах обвиняемые были лишены всех прав.
В своей речи от 13 марта 1907 года перед депутатами II Думы премьер так обосновывал необходимость действия этого закона:
Государство может, государство обязано, когда оно находится в опасности, принимать самые строгие, самые исключительные законы, чтобы оградить себя от распада. Бывают, господа, роковые моменты в жизни государства, когда государственная необходимость стоит выше права и когда надлежит выбирать между целостью теорий и целостью отечества».
Можно говорить о том, что за шесть лет действия закона с 1906 по 1911 годы по приговорам военно-полевых судов было казнено по различным данным от 683 до 6 тысяч человек, а к каторжным работам приговорено 66 тысяч. В основном казни приводились в исполнение через повешение.
Столыпина осуждали за столь жёсткие меры. В обиход вошли термины «скорострельная юстиция» и «столыпинская реакция». Кадет Ф.И. Родичев во время выступления допустил оскорбительное выражение «столыпинский галстук».
Премьер-министр, находившийся в тот момент на заседании, потребовал от Родичева «удовлетворения», то есть вызвал его на дуэль. Родичев публично принёс свои извинения, которые были приняты. Но выражение «столыпинский галстук» стало крылатым. Под этими словами подразумевалась петля виселицы.
Лев Толстой в статье «Не могу молчать!» выступил против военно-полевых судов и соответственно политики правительства. Закон о военно-полевых судах не был внесен правительством на утверждение в III Думу и автоматически потерял силу 20 апреля 1907 года.
Со второй половины 1907 года до конца премьерства Столыпина в Российской империи не было еврейских погромов. Столыпин антисемитом не был, хотя во многих публикациях ему и приклеивают этот ярлык.
Экономическое положение русского крестьянства после крестьянской реформы 1861 года оставалось тяжёлым. Земледельческое население 50 губерний Европейской России, составлявшее в 1860-х годах около 50 миллионов человек, возросло к 1900 году до 86 миллионов, вследствие чего земельные наделы крестьян, составлявшие в 60-х годах в среднем 4,8 десятин на душу мужского населения, сократились к концу века до среднего размера 2,8 десятин. При этом производительность труда крестьян в Российской империи была крайне низкой.
Земля не принадлежала крестьянину на правах собственности. Ею распоряжалась община («мирЪ»), которая распределяла её по «душам», по «едокам», по «работникам» или каким-либо иным способом (из 138 млн десятин надельных земель около 115 млн являлись общинными).
Только в западных областях крестьянские земли находились во владении своих хозяев. При этом урожайность в этих губерниях была выше, не было случаев голода при неурожаях. Эта ситуация была хорошо известна Столыпину, который более 10 лет провёл в западных губерниях.