В первый раз передача, которая была детищем Валентины Федоровой, главного редактора, была выпушена в эфир в 1964 году. Федорова загорелась идеей создать такой проект после того, как побывала в Германии, куда ездила в командировку. Там во время просмотра центрального канала ей очень понравился веселый мультфильм про забавного человечка из песка.
Разработка сценария началась в 1963 году. Команда создавала кукол, которым предстояло стать главными героями передачи. Название планировали сделать другим — «Сказка на ночь», но в последний момент изменили. Но всегда в начале звучала одна и та же известная всем детям Советского союза песенка. После этого малыши могли увидеть интересные картинки, а фотом приятный голос рассказывал занимательную сказочную историю. Главными героями сначала были такие странные существа как Шишига, Шустрик и Мямлик.
Со временем выпуски с картинками и закадровым текстом (первым диктором была Нина Кондратова) превратились в демонстрацию мультфильма, перед началом которого ведущий и главные герои-куклы (Филя, Степашка и Хрюша) разыгрывали маленький спектакль. Кстати, неразлучных друзей придумал Владимир Шинкарев, детский редактор.
Чуть позднее появился симпатичный пес Филя, который сразу понравился детям. Вслед за ним в передачу пришли собачка Чижик и зайчик Степа.
Что касается знаменитого Хрюши, то он предстал перед детишками только в начале семидесятых годов. Это был странный персонаж. С одной стороны, милый, с другой — непослушный, хулиганистый и вредный. Он без устали шалил, чем вызывал недовольство других героев, но зато потом понимал свои ошибки и извинялся за неправильное поведение. Поросенок, что с него взять. Зато зайчик Степашка был послушным и умным, очень воспитанным героем. Хрипловатая ворона Каркуша появилась в передаче только в 1982 году и сразу стала любимицей у детей.
Передача стремительно набирала популярность среди малышей. Практически каждый ребенок дошкольного возраста в СССР смотрел ее с удовольствием. «Спокойной ночи, малыши!» была единственной программой, конкурентов у нее не было, как и специалистов в области детского телевещания.
Когда передача вышла, в 1964 году, у нее была черно-белая заставка, изображающая часы с вращающимися стрелками. Поскольку время выхода было постоянно разным, автору заставки, художницу Ирине Власовой, надо было постоянно менять время. В конце семидесятых годов заставка была раскрашена, стала цветной. Во время ее показа с первого выпуска, звучала знаменитая колыбельная песенка «Спят усталые игрушки». 1982 год ознаменовался появлением забавной «пластилиновой» заставки, которая приводила в восторг не только детей, но и взрослых.
На роль ведущего был выбран Владимир Иванович Ухин, выпускник института театрального искусства. Ему пришлось импровизировать и придумывать линию поведения самостоятельно, так как научить этому ведущего было некому. Ухин отдал передаче всю свою творческую жизнь и работал ведущим до 1995 года.
Дети мгновенно узнавали приятный, доброжелательный голос дяди Володи и приникали к телевизионным экранам. Актеру удалось создать тот образ, который пришелся по душе детишкам.
В середине шестидесятых годов к Владимиру Ухину присоединилась Валентина Леонтьева, знаменитая «тетя Валя Советского союза». В дальнейшем она вела многие детские передачи, так как словно была создана для этого. Многие поколения выросли на ее сказках, миллионы детей с восторгом слушали ласковый голос этой приятной женщины.
К сожалению, на такое прекрасное дело, как детская передача, выделялось очень мало средств. И это несмотря на то, что альтернативы просто не было. Однако положение дел было именно таким.
Каждый выпуск получал финансирование в размере сто рублей. Кажется, что это немало по тем временам, но в результате основная часть денег шла на заработную плату сотрудников. А вот сценаристы и актеры работали за сущие копейки. К счастью, собралась команда добрых, ответственных людей, которые прекрасно понимали, какое важное дело они делают, и работали с большим энтузиазмом.
Так как денег было мало, кукол обновляли очень редко, не чаще одного раза в три года. Проблемой было и создание подходящей одежды для главных героев. Некоторое время кофточки, кепочки, шарфики и прочие вещи для кукол закупали в Англии. Все было бы неплохо, если бы не было так дорого. Потому руководство принято решение шить одежду своими силами. От этого главные герои не стали выглядеть хуже.
После того, как ушел из жизни Леонид Брежнев, использование кукольных персонажей на телевидении было запрещено. Передачу стали вести только дикторы. Но после того, как один за другим покинули этот мир Андропов и Черненко, передача была завалена письмами, где просили вернуть кукол обратно. Так и было сделано.
В 2007-2009 годах по мотивам «Спокойной ночи малыши» создали компьютерные игры, которые пользовались немалым спросом.