Историки изо всех сил пытались собрать воедино детали жизни и правления Хатшепсут. Одним из основных факторов неопределённости является отсутствие доказательств, поскольку её имя было намеренно стёрто с египетских памятников и скульптур. По-видимому, это была работа её пасынка Тутмоса III. В течение многих лет его действия считались жестокой местью мачехе за узурпацию его трона, но тщательное расследование выявило абсолютно иные мотивы.
Хатшепсут никогда не преследовала своего пасынка, и, по сути, он занимал важные посты в её правительстве и возглавлял армию. Существует мало свидетельств какой-либо ненависти между ними. Большинство историков и учёных предполагают, что всё происходящее вокруг царицы было связано с восшествием на престол сына Тутмоса III, Аменхотепа II, который имея личную неприязнь к Хатшепсут, пытался вычеркнуть её из истории.
Взяв власть в свои руки всего в двадцать два года, Хатшепсут последовала примеру своих предшественников из восемнадцатой династии и укрепила свою власть короткой и успешной военной кампанией на юге против Королевства Куш. Изображения и надписи из гробницы Сененмута (Сенмут), Тии в Сехеле и стелы Джехути - все они отражают кампанию, причём последние два совершенно ясно указывают на то, что кампанию возглавляла сама Хатшепсут.
Ранние изображения царицы Хатшепсут довольно женственны, что более характерно по тем временам. На полпути к её правлению резьба и скульптуры начинают приобретать более мужской облик, и её иногда показывают в традиционных одеждах мужчин-правителей Египта. В более поздний период своей жизни она была изображена полностью мужчиной, в мужской одежде и даже с традиционной бородой египетских фараонов. И совсем неудивительно, что это вызвало большую путаницу у ранних археологов, пытавшихся точно определить временные рамки и личности египетских фараонов. К концу своего правления Хатшепсут отказалась от всех титулов, которые в Древнем Египте носили исключительно женщины, и даже использовала мужскую форму своего имени.
Считается, что Пунт, или «Божественная земля», находится недалеко от современного Сомали. Экспедиция увенчалась большим успехом, и египтяне вернулись домой, нагруженные экзотическими предметами. Одной из самых амбициозных целей путешествия было привезти живые мирровые деревья для выращивания в Египте. Благовония и мирра были очень дорогими веществами в древнем мире, так как они росли в очень ограниченных местах. Тем не менее, многие культуры, включая Египет, требовали их использования в религиозных и погребальных церемониях. Настенные росписи в погребальном храме Хатшепсут показывают участников экспедиции, возвращающихся с этими деревьями. К сожалению, они плохо подходили для климата Египта, и ни одно из них не выжило, но торговля с Пунтом продолжалась на протяжении всего её правления.
Одна из теорий предполагает, что Пунт не был регионом к югу от Египта, а на самом деле был регионом Иудеи, и что Хатшепсут на самом деле является легендарной библейской царицей Савской, которая встречалась с Соломоном. В своей книге 1952 года «Эпохи хаоса» Иммануил Великовский утверждал, что восемнадцатая династия была неправильно датирована и на самом деле появилась почти пять столетий спустя в истории. Изменение временной шкалы устраняет несколько давних расхождений между историями Египта и Израиля.
Это также делает Хатшепсут и Соломона современниками. Великовский указал на отрывок из известного древнееврейского историка Иосифа Флавия, написанного в I веке н. э., в котором прямо говорится, что царица Савская была «женщиной, которая в то время правила как царица Египта». Иммануил считал, что таинственная земля Пунт на самом деле относится к Иерусалиму, и что все экзотические предметы, привезённые в Египет, могли быть найдены в то время в долине реки Иордан.
Предыдущая династия правителей-гиксосов-оккупантов нанесла серьёзный ущерб египетскому искусству и памятникам. Хатшепсут восстановила повреждения и отстроила гораздо больше, чем можно предположить. Её работы включали реставрацию участка храма Мут в Карнаке, строительство Красной часовни в Карнаке и строительство Храма Пахета в Бени-Хасане. Во время её правления было заказано так много статуй, что сегодня почти в каждом музее мира, где представлены египетские артефакты, есть некоторые из её эпохи. На самом деле, в Нью-Йоркском музее искусств Метрополитен есть целый зал Хатшепсут, посвящённый статуям времён её правления. Хатшепсут также заказала множество обелисков, в том числе один, который остаётся самым высоким сохранившимся древним обелиском в мире.
Строительство великолепного Погребального храма Хатшепсут велось под руководством её главного управляющего Сененмута, и на его завершение ушло около пятнадцати лет. Хотя близлежащий храм Ментухотепа II послужил некоторым источником вдохновения, храм царицы Хатшепсут значительно отличается в нескольких стилистических аспектах. Это знаменует собой переход в дизайне египетского храма от массивного геометрического стиля Старого Царства к стилю, предназначенному для более активного использования верующими. Храм высотой в три этажа, соединённый пандусами и террасами. В своё время в нём находились святилища, часовни и святилище Амона-Ра. Все они были сплетены вместе с резными рельефами, отражающими бассейны и тщательно продуманными садами экзотических растений и деревьев.
Погребальный храм содержит две важные, расписанные, низкорельефные последовательности, одна из которых подробно описывает знаменитую экспедицию в Пунт, а другая изображает события из жизни царицы Хатшепсут, тщательно спланированные ею для дальнейшего утверждения её права на власть. В одной из сцен Амон просит благословения других богов для великой и могущественной царицы, которая должна прийти, а затем посещает мать Хатшепсут, переодетую Тутмосом I, и зачинает Хатшепсут.
В другой сцене, показывающей сложную коронацию Хатшепсут, её отец коронует её, передавая идею о том, что он всегда хотел, чтобы его дочь правила. Возможно, в этом есть доля правды, поскольку Хатшепсут играла активную роль в правительстве как своего отца, так и брата и пришла к власти с опытом управления. Однако, правда это или нет, это является эффективной пропагандой в поддержку исключительного права Хатшепсут на власть.