По разному бывает. Чаще всего, тема возникает либо в процессе импровизации на каком нибудь из инструментов, либо сразу в голове. В первом случае, пальцы как бы сами неожиданно что то нащупывают.
Еще бывает, что сидишь и играешь какую нибудь абсолютно тривиальную, не интересную тему, и вдруг, в какой то момент, возникает какая то интересная деталь из за которой тема начинает звучать в новом свете и начинает наклевываться композиция.
По моему, не столь актуален вопрос появления темы, сколь вопрос ее продолжения :)))
Ну вот появилась какая то интересная тема - и что? Если не придумать ее достойного развития, то композиция так и останется на стадии "Есть вот у меня интересная темка одна!" :)
А если развить просто как попало, то получатеся, что извели добро (хорошую тему) на г...но (неинтересную в целом композицию).